Va osservato che le prime sei cappelle (comprese le due piccole sagrestie simmetriche), che appartengono al progetto originario voluto da Sigismondo Pandolfo Malatesta, vanno lette, per i loro contenuti iconografici, a due a due, frontalmente.

Ciò consente di percepire quello che è un vero e proprio itinerario della mente verso Dio: un itinerario che partendo dalla "fortificazione" della virtù conduce verso la "sfera" della luce perfetta, attraverso un'articolazione dello spazio interno che procede dalla porta d'ingresso fino allo spazio in cui una grande cupola (mai realizzata) avrebbe dovuto innestarsi a conlusione della navata, al di sotto della quale doveva trovarsi l'altare (rimando simbolico a Cristo).

Antistante il presbiterio e sottostant la cupola doveva trovarsi un'iconostasi, sopra la quale si trovava il crocifisso di Giotto, attualmente collocato in fondo all'abside settecentesca, di fatto ricostruita dopo i bombardamenti della seconda guerra mondiale.

Questa, dall'ingresso, la sequenza ordinata degli spazi:

"spazio della virtù",

"spazio della santità",

"spazio della lode",

"spazio della contemplazione" e

"spazio della luce" o della Gloria di Dio.

Avvertenza